L'IES José Rodrigo Botet va ser nomenat com a Secció Mixta del Lluis Vives de València, el 15 d'octubre de 1964 (BOE 11/nov./64). L'any 1969, comença a funcionar com a Institut de Batxillerat independent, i pocs anys després rebrà el nom d'un cèlebre Maniser anomenat José Rodrigo Botet. Per aquell temps era l'únic institut de la comarca. Durant anys va ser la institució on moltes generacions de Manises i dels pobles dels voltants estudiaren BUP i COU.

A finals dels 90, amb l'entrada en vigor de la LOGSE, el Centre va passar a denominar-se IES José Rodrigo Botet i es van començar a implantar gradualment i en anys successius l'ESO (amb l'obligatorietat d'escolarització fins als 16 anys), el Batxillerat LOGSE i dos Cicles Formatius de grau Superior de la família d'Informàtica. Des d'aquells anys s'han produït molts i variats canvis que han afectat tant a les instal·lacions (inauguració del nou edifici, curs 1999-2000), a les nombroses Lleis Orgàniques d'Educació) i, fins i tot, al perfil de l'alumnat (avui en dia principalment en línia en valencià).

Cal remarcar en la seua història el fet de ser uns dels primers centres a implantar una línia de Pla d'Ensenyament en Valencià (PEV, curs 79/80), això vingué a donar una continuïtat a la línia, ja començada a Manises, del CP Fèlix Rodríguez de la Fuente.