El museu principal va obrir les seues portes en 1994 gràcies a depòsits i donacions de particulars. Aquest fons museístic es mostra actualment en cinc seccions: medi ambient, fòssils, arqueologia, etnologia i numismàtica.

Forma part també de l'exposició permanent del museu el despatx de D. Gratiniano Sots, la primera persona que inicia els estudis arqueològics a Pilar de la Horadada a principis del segle passat.

També des de la direcció del museu es coordinen altres labors relacionades amb aquest, com la funció científica que desenvolupen les excavacions arqueològiques, les quals incrementen el fons museístic.